
Luego al finalizar la ocupación de La Palma comenzó la conquista de la isla de Tenerife. En abril de 1494 desembarca en Añazo y plantó la cruz que da nombre a la actual capital de la Isla.
(Sello 500 años de la fundación de Santa de Cruz de Tenerife)
La primera aventura en esta isla acabó con la derrota de Fernando de Lugo a manos de Bencomo, mencey de Tahoro (Valle de la Orotava), en la comarca de Acentejo, esta batalla tuvo lugar en el actual municipio de La Matanza de Acentejo.
Después de esta derrota, volvió a organizar una nueva expedición, derrotando en la Batalla de Aguere a Bencomo y posteriormente tras varias escaramuzas, tiene lugar otra batalla en Acentejo, donde esta vez, derrotó a los guanches, este lugar está ubicado en el actual municipio de la Victoria de Acentejo.
En los Realejos en el año 1496, Alonso Fernández de Lugo, da oficialmente por acaba la invasión a Tenerife, con la firma por parte de los guanches derrotados, del sometimiento al cristianismo (catolicismo) y a los Reyes de la nueva España.
En 1503 fue nombrado adelantado de Canarias. Murió en San Cristóbal de la Laguna, en el año 1525.